Cuando montas un servidor web de Apache o Nginx, lo primero que se debe de hacer es colocar bien los permisos a las carpetas y los archivos para evitar que tu pagina sea vulnerable.

Para cambiar las carpetas y subcarpetas es con el siguiente comando:
Los permisos que se utilizan en Apache para las carpetas es 775.

comandoit@comandoit:~# find /var/www/paginaweb -type f -exec chmod -R 0755 {} \;

Para cambiar los archivos se hace con el siguiente comando:
Los permisos que se utilizan en Apache para los ficheros 644.

comandoit@comandoit:~# find /var/www/paginaweb -type d -exec chmod -R 0644 {} \;

Por IdeasK